ตลอดเดือนมิถุนายน 2553 ศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาลจัดกิจกรรมตามโครงการ “ส่งเสริมพัฒนาร้านอาหารมุสลิม/ฮาลาลไทยมุ่งสู่สากล” 5 ครั้ง โดยทุนสนับสนุนจากกระทรวงพาณิชย์ โครงการดังกล่าวเป็นโครงการที่ใช้เวลา 4 เดือน นับเป็นหนึ่งในหลายกิจกรรมการพัฒนาบุคลากรที่ศูนย์ฯดำเนินการอยู่ในพื้นที่จังหวัดชายแดนใต้ กิจกรรมตามโครงการนี้ศูนย์ฯรับผิดชอบพัฒนาร้านอาหารมุสลิมในห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้จำนวน 100 ร้าน ค้ดร้านอาหารที่มีเมนูจานเด่น 40 ร้าน ทำการยกระดับคุณภาพความปลอดภัยอาหาร พัฒนาด้านฮาลาลพร้อมความรู้การบริหารจัดการธุรกิจ จัดทำเอกลักษณ์ของร้านอาหาร จัดทำหนังสือทำเนียบภาษาไทย/อังกฤษ เขียนบทความแนะนำในนิตยสาร ตลอดจนนำผู้ประกอบการเข้าร่วมกิจกรรมแสดงสินค้าระดับนานาชาติในประเทศสองครั้ง

ทั้งนี้ศูนย์ฯได้จัดอบรมร้านอาหารในสามจังหวัดคือปัตตานี ยะลา นราธิวาส เป็นครั้งแรกในวันที่ 9-10 มิถุนายน 2553 ณ โรงแรมซีเอส จังหวัดปัตตานี โดย ฯพณฯ นายอลงกรณ์ พลบุตร รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพาณิชย์ให้เกียรติพบปะนักธุรกิจร้านอาหารทั้งหมด ต่อมานำนักธุรกิจร่วมเปิดโครงการพัฒนาพื้นที่ภาคใต้ของกระทรวงพาณิชย์ในวันที่ 16 มิถุนายน กิจกรรมตามโครงการดังกล่าวของศูนย์ฯได้รับความสนใจจาก ฯพณฯ นางพรทิวา นาคาศัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ และข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ตลอดจนผู้เข้าร่วมงานเป็นอย่างมาก หลังจากนั้นศูนย์ฯนำนักธุรกิจเข้าร่วมงานแสดงสินค้า IMT-GT Phuket Halal Expo 2010 ณ สะพานหิน จังหวัดภูเก็ต เพื่อสาธิตการทำอาหารเมนูเด่นของจังหวัดชายแดนภาคใต้ เช่น ชาชัก นาซิกาบู ละแซ และเมนูอาหารที่แสดงอัตลักษณ์ของห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยงานดังกล่าวศูนย์ฯร่วมกับองค์การบริหารส่วนจังหวัดภูเก็ตจัดขึ้นพร้อมกับงานการประชุมวิชาการนานาชาติ WHASIB-Phuket 2010 มีผู้ให้ความสนใจอย่างมาก โดยมี ฯพณฯ นายอาศิส พิทักษ์คุมพล จุฬาราชมนตรี ให้เกียรติเข้าเยี่ยมชมและร่วมชิมอาหารด้วย

ศูนย์ฯจัดอบรมนักธุรกิจครั้งที่สองสำหรับนักธุรกิจร้านอาหารในเขตจังหวัดสงขลาและสตูลในวันที่ 24-25 มิถุนายน ณ โรงแรมเจบี หาดใหญ่ จังหวัดสงขลา หลังจากนี้ได้นำร้านอาหารจำนวน 20 ร้านเข้าร่วมงานแสดงสินค้าอาหารที่ใหญ่ที่สุดในเอเชีย ได้แก่ Thaifex-World of Food Asia ณ เมืองทองธานี นนทบุรี ระหว่างวันที่ 30 มิถุนายน-4 กรกฎาคม 2553 โดยตลอดระยะเวลา 5 วัน มีการสาธิตการทำอาหารเด่นชายแดนใต้ทุกวันๆละ 3 รอบโดยมีนายสันติ อิ่มใจจิตต์ บรรณาธิการนิตยสารคู่สร้าง-คู่สม เข้าร่วมเป็นวิทยากรด้วย กิจกรรมดังกล่าวได้รับความสนใจอย่างมาก โดยในงาน ThaiFex นี้ศูนย์ฯได้ร่วมจัดงานสัมมนาทางวิชาการในภาคภาษาอังกฤษแก่ผู้เข้าร่วมงานชาวต่างประเทศด้วย

โครงการที่ร่วมกับกระทรวงพาณิชย์ครั้งนี้มุ่งหวังยกระดับคุณภาพร้านอาหารมุสลิมในห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ทั้งด้านคุณภาพฮาลาล ความปลอดภัยอาหาร อัตลักษณ์อันโดดเด่นของอาหารมุสลิมและอาหารฮาลาลเพื่อผลักดันสู่ระดับสากล นำไปสู่การสร้างฟรานไชส์ การส่งออกแรงงานพ่อครัวแม่ครัวอาหารมุสลิม ตลอดจนวัตถุดิบและผลิตภัณฑ์ต่างๆจากพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้สู่ตลาดโลกเป็นการยกระดับการพัฒนาพื้นที่อีกทางหนึ่ง ทั้งนี้ปัจจุบันศูนย์ฯมีโครงการพัฒนาพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยทุนสนับสนุนจากหน่วยงานต่างๆ รวม 7 โครงการ และได้จัดตั้งสำนักงานปัตตานีขึ้นเพื่อให้บริการประชาชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้